曼努埃尔·安东尼奥国家公园是鸬鹚(Phalacrocoracidae)和美洲蛇鹈(Anhingidae)的家园,这两种水鸟在公园的沿海和淡水栖息地繁衍生息。鸬鹚,例如新热带鸬鹚,是潜水高手,人们经常可以看到它们潜入水下捕鱼。潜水后,它们通常会张开翅膀栖息在岩石或树枝上晾干羽毛,因为它们的羽毛不如其他鸟类防水。美洲蛇鹈,因其细长的脖子而被称作“蛇鸟”,同样擅长捕鱼。它们潜入水下捕鱼,用锋利的喙刺穿猎物。捕猎后,人们可以看到美洲蛇鹈张开翅膀栖息晾干羽毛。这两种鸟类通过控制鱼类数量来维持公园的生态平衡,它们独特的行为和栖息地也丰富了曼努埃尔·安东尼奥国家公园的生物多样性。